2006年10月11日，科技部與云南省人民政府簽署了《科學技術部 云南省人民政府工作會商制度議定書（2006—2010）》，確定了“十一五”期間共同推進云南省生物質能源產業(yè)化工程、有色金屬新材料產業(yè)化基地、中藥現代化科技產業(yè)（云南）基地、云南花卉星火產業(yè)帶、云南特色動物資源實驗動物產業(yè)化開發(fā)及共享平臺建設等五個方面的會商主題。2008年8月25日和2009年7月18日，科技部、云南省人民政府兩次召開部省會商工作會議，總結落實會商工作任務完成情況，研究會商議題，明確部省共同推進的重點工作，部署工作任務，形成了科技部與云南省人民政府就重大事項進行會商的有效工作制度。
　　“十一五”以來，在部省會商工作制度的推動下，云南省生物質能源、有色金屬新材料、生物醫(yī)藥、特色花卉等產業(yè)發(fā)展迅速，取得了顯著成效。
　　——云南生物質能源產業(yè)的創(chuàng)新基礎進一步增強。在科技部的大力支持下，云南省圍繞生物質能源產業(yè)發(fā)展技術需求，建設了云南省生物質能與環(huán)境生物技術重點實驗室、云南省沼氣工程技術研究中心等一批科技創(chuàng)新平臺，組織實施了一批重大科技項目，突破了一批具有自主知識產權的生物質能源產業(yè)發(fā)展關鍵技術，培育了一批生物質能源產業(yè)龍頭企業(yè)，為云南生物柴油產業(yè)發(fā)展奠定了重要的科技基礎。
　　——云南有色金屬新材料產業(yè)科技創(chuàng)新能力顯著提升。在部省會商工作制度的推動下，科技部進一步加大了對云南省有色金屬新材料產業(yè)發(fā)展的支持，提升了云南有色金屬精深加工能力，延伸了產業(yè)鏈，提高了產品附加值，不斷提升了產業(yè)核心競爭力，大力推進了云南有色金屬新材料產業(yè)化基地建設。同時，推動建設了云南省新材料制備與加工重點實驗室、云南省錫材料工程技術研究中心等一批科技創(chuàng)新平臺，組織實施了一批重大科技攻關和產業(yè)化關鍵技術研發(fā)項目，獲取了一批具有自主知識產權的有色金屬新材料制備關鍵技術。
　　——云南生物醫(yī)藥產業(yè)核心競爭力不斷增強。“十一五”期間，云南省共有23個藥品研發(fā)和中藥材種植等相關項目獲得國家科技支撐計劃、國家重大新藥創(chuàng)制科技重大專項等計劃支持，獲國家科技資金補助9000多萬元，成功開發(fā)了一批重大中藥、民族藥和創(chuàng)新藥物系列產品，先后建設了云南民族藥工程技術研究中心、云南省天然藥物化學重點實驗室等一批科技創(chuàng)新平臺，30個各具特色的“云藥之鄉(xiāng)”，和文山三七、紅河燈盞花等一批中藥材種植基地及原料藥基地。2010年，云南省生物醫(yī)藥產業(yè)實現工業(yè)總產值166億元，工業(yè)銷售收入154億元，利潤20.46億元，分別比2009年增長了36.6％、41％和46.6％。全省銷售收入過億元的生物醫(yī)藥企業(yè)達34戶，單品種銷售過億元的生物醫(yī)藥產品達31個。
　　——云南特色花卉產業(yè)競爭優(yōu)勢更加突出?？萍疾块L期以來大力支持云南花卉產業(yè)的發(fā)展。2006年12月，“云南花卉星火產業(yè)帶”獲科技部批復建設，成為國家首批星火產業(yè)帶之一。在科技創(chuàng)新的推動下，“十一五”期間，云南省共育成花卉新品種100余個，其中獲得新品種權授權54個，占全國授權總數的85%以上，近50個品種通過了國家初審或實質性審查，花卉新品種數和種類居全國第一。至2010年，全省花卉種植面積達63.01萬畝，花卉企業(yè)達1328家，從業(yè)人員達22.6萬人；花卉總產值達232億元，出口1.5億美元，農民實現增收60億元；鮮切花總產量60.5億枝，連續(xù)17年全國排名第一，鮮切花國內市場占有率超過70%，出口到46個國家和地區(qū)。云南已成為全國最重要的花卉新品種研發(fā)基地和亞洲最大的鮮切花生產基地。
　　科技部與云南省部省會商工作制度的有效實施，進一步強化了部省科技資源集成，實現了部省科技資源向云南省經濟發(fā)展重點領域和民生領域的有效聚集，對提升云南科技創(chuàng)新能力，加快科技成果轉化和產業(yè)化，培育新的經濟增長點和發(fā)展特色優(yōu)勢產業(yè)，促進云南經濟發(fā)展方式轉變和產業(yè)結構調整起到了積極的推動作用，形成了部省聯動，共同推進云南經濟社會又好又快發(fā)展的良好局面。